欧亚司下设四处一室，分别是办公室、一处（俄罗斯）、二处（白俄罗斯、乌克兰、格鲁吉亚、亚美尼亚、阿塞拜疆、摩尔多瓦）、三处（哈萨克斯坦、土库曼斯坦、乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦）、综合处（上海合作组织、欧亚经济联盟、亚洲相互协作与信任措施会议等涉及欧亚地区的区域、次区域合作机制；与欧亚地区共建“一带一路”以及欧亚地区综合调研）。